一件，是找到讓自己恢復原樣的解藥。
另一件，則是找到並把那個害了他也害了無數人的黑衣組織一鍋端了。
前者他憑藉主角光環吸納了黑衣組織製作這個藥的成員，宮野志保，現在也服了毒藥變小改名叫灰原哀，目前一直在研究解藥，讓他看到了自己恢復原樣的希望。
而後者，在找了幾次都或是棋差一招或是找錯人之後，柯南終於又一次找到了希望，而這個希望就是當時他一開門見到的那個穿著黑色風衣的女人——莫亞。
事實上莫亞一開始的準備都是有必要的。
比如準備各種問題的答案，比如對自己的身份作解釋，比如為自己設定人設等等，但唯一做錯的一件事情就是認錯了主角，於是她把太多的精力花在了毛利小五郎的身上，卻無暇去顧忌在她眼裡還是小鬼的柯南。
這才讓柯南發現了她的破綻，最後認定了她是黑衣組織的一員——
莫亞說自己是個中途休學的大學生，練過些古武術，可實際上她的身上帶著殺氣，有時候（發現溯行軍的時候）會不由自主地透露出來，讓柯南和灰原哀感受到那股敏銳的殺氣，一個單純像小蘭這樣學習些大家本領的人是不可能有殺過人的血腥氣息的；
同時，莫亞對現代科技運用也不是很熟悉，這讓柯南猜測這大概是小時候就被黑衣組織收養與世隔絕習武什麼的，就跟那些特工電視劇電影一樣，才導致的結果；
再加上這些日子他們破了那麼多案子，與各式各樣的人交往接觸，以柯南的觀察力很快就發現其實住在家裡的莫亞和對面寵物店的大俱利、超市收銀員長谷部以及那兩個剛出道的明星是認識的，明明認識卻假裝不認識，柯南覺得他們一定有什麼不可告人的目的，並且他們的一定來自於一個組織，至於這個目的……
很有可能就是要殺掉誰！
有組織、喜歡穿黑衣服、有殺氣、會殺人……
不是黑衣組織還有誰？！
找黑衣組織找得都快要入魔曾經還幹過在大街上發現一夥穿著黑衣服印□□的人就當做黑衣組織的柯南在得到了條件之後立刻簡單粗暴地斷定。
而實際上莫亞乾的事情和黑衣組織還真差不多。
一樣是在人群中尋找叛徒，呸，尋找不是自己人的人，一樣是把人找出來之後偷偷摸摸給殺了，一樣是深藏在人群之中相互假裝不認識實際上一個小組一起行動……
因此柯南誤會了。
因此柯南也行動了。
他原本只是打算跟蹤半夜出門的莫亞看看她到底找誰，沒想到自己的舉動被少年偵探隊的其他人給發現了，變成了一個集體行動，於是就鬧出了那一出集體出動目睹莫亞和刀劍斬殺溯行軍的場面，又連帶著報了警。
柯南當時也只是想利用警方把人抓住再細細盤問，卻不想找不到屍體。
所以他選擇了再一次跟蹤，同樣不服氣的少年偵探隊比他還利落，找到了一期一振買的那一大堆箱子，乾脆搬空了一個，五個小孩子就這麼在柯南無法大聲說話的情況下一起躲進了箱子裡，即使柯南再想要阻止也沒了辦法。
柯南的身上有個定位儀，他在來之前聯絡了阿笠博士，只要等他身上的定位在某個地方停留的時間超過十分鐘，阿笠博士就會立刻報警，這個世界警察的出警速度還是很快的，這也是柯南會出來跟蹤的原因，但是他怎麼也沒想到，不過是來跟蹤一群罪犯想要找到他們的老窩而已，怎麼一出箱子他們就——
穿越了？！
那三個真正的小孩子並沒有發現這個事實，他們一開始以為這群人是殺人犯，自己被發現後會被殺，所以才鼻涕眼淚一起流，但很快元太、光彥和步美就發現這裡有很多和他們差不多大的孩子，同齡人之間的交流讓他們逐漸放下了警惕心。
刀劍們的外表長得都十分之好，各種型別的都有，性格雖然有的很彆扭，但對於人類的孩子，親近人類的刀劍總是下意識會對他們軟語和愛護。
小孩子都是靠直覺生活的動物。
感受到了友善的氣息，吃著燭臺切和歌仙製作的神奇的東方美食，步美玩著短刀們、石切丸和太刀太郎當初為了解決本丸經濟問題做的拿出去賣的歐刀手辦，對比著其中的三頭身手辦三日月和真人三日月，被亂帶著一起給玩偶們換裝，瞬間那些緊張不安就消失不見了。
另一邊，元太和光彥則被帶到了手合室，堀川和和泉守臨危受命，給這兩個小小男子漢表演了一場刀劍對打，霸氣的吼聲和華麗的動作看得兩個小小少年眼睛都直了，只顧著驚呼和拜師，哪裡還記得之前的事情？
加上警方當初也沒查到證據，三個孩子也就覺得，也許是他們真的看錯了呢？
畢竟這些哥哥們長得這麼好看，怎麼會殺人呢？
他們是這麼這麼的好看！
在顏值的美麗之下，三個天真的孩子就這樣暈頭轉向改變了立場，開始和短刀們玩了起來。他們見到了留在本丸正在做手工的小蛙，到笑面青江的屋子裡擼了一把小松丸，鶴丸國永給他們表演了一下什麼叫一個跟斗八千里，一期一振帶著他們玩起了盪鞦韆。
而另外兩個實際上是大人表面上卻是小孩子的假小孩則從刀劍們粗糙的遮掩下發現了一把會自己掃地的掃帚（掃帚精）、會自行變成老虎的小孩（五虎退），還有許多違揹他們所生活的那個世界的常理的生物與非生物。
排除了所有可能的選項，最不可能的唯一一個答案就是最終的答案——
柯南和灰原哀不得不承認，他們大概真的是穿越了。
於是灰原哀選擇了找到本丸對藥理和醫學有些研究的藥研，開始互相分享各自在醫學醫藥領域探索的成績，隨遇而安。
而柯南則決定等本丸的主人莫亞回來，開門見山地和她談論一番，並且讓她送他們一行人回去。
……
……
此時，被柯南惦記著的莫亞正和上野一起和一群老狐狸進行著艱難的談判。
事實上艱難只是對於莫亞一個人來說的，那些討價還價，那些你來我往，莫亞很多時候都處於半懂不懂狀態，即使她已經跟隨自家老師學習了不少政治的事情，但畢竟才剛入門，一上來就打最後大boss——
可不是一刀下去不見血，人家一刀下去她就吐血身亡麼？
但對於深諳其道的上野來講，這場談判其實比他預想的要輕鬆很多。
就像是莫亞一個人就可以說服那個世界目前的政府首腦向著他們一樣，上野早在先前就靠著正義者聯盟裡面的審神者們與這裡在座的大部分政府首腦都有過接觸，不少在會上看來好像和他討價還價吵得跟他殺了人家親媽似的，實際上他們早在會前就已經達成了共識，如今這一套一套不過是政治上的套路而已，為的是讓那些不知情的世界政府首腦隨大流最後和他們一起同意合作。